Ciclo di Training courses SUS-MIRRI.IT
Analisi di dati metatassonomici: un flusso di lavoro in R
Organizzatore: Università degli Studi della Basilicata
Periodo di erogazione: 13 e 15 Giugno 2023
Corso online
Iscrizione: https://forms.gle/u7FSXKEXWT7zUteKA
Docenti: Prof. Eugenio Parente
PROGRAMMA
Giorno 1: 13/06/2023 – ore 15:00-17:00
Analisi di dati metatassonomici: un flusso di lavoro in R – 1
In questo primo seminario verrà presentato brevemente (dopo una micro introduzione su R e RStudio) un flusso di lavoro per l’analisi di dati metatassonomici a partire da sequenze in formato fastq. Nella prima lezione ci si concentrerà su importazione di dati, applicazione di filtri di qualità e inferenza delle Amplicon Sequence Variants con DADA2.
Giorno 2: 15/06/2023 – ore 16:00-18:00
Analisi di dati metatassonomici: un flusso di lavoro in R – 2
In questo secondo seminario verrà presentata la seconda parte di un flusso di lavoro per analisi metatassonomiche con R, basato su DADA2.
Si partirà dalla costruzione della tabella di sequenze, per poi arrivare all’insieme delle tabelle dei campioni, dell’abbondanza delle ASV e dei taxa, oltre che dell’albero filogenetico, combinati in un oggetto phyloseq. Se sarà possibile verranno indicati brevemente approcci e pacchetti per l’ulteriore analisi statistica e grafica dei dati.
Informazioni:
Per le informazioni sul corso inviare una e-mail al seguente indirizzo: teresa.zotta@unibas.it
Numero massimo di partecipanti: aperto
Analisi di dati metatassonomici: un flusso di lavoro in R
Organizzatore: Università degli Studi della Basilicata
Periodo di erogazione: 13 e 15 Giugno 2023
Corso online
SCARICA QUI IL PROGRAMMA